willian kim marotta,
Olá, tenho uma jabuticaba também, a ferrugem é uma das principais doenças da jabuticabeira, é um fungo, pode estar relacionado com o excesso de umidade, deficiência de nutrientes etc, etc, etc, mas não podemos esquecer que a jabuticaba adora uma umidade rsrsrs. Você pode aplicar para combater a ferrugem calda sulfocálcica, ou calda bordaleza, ou um fungicida: enxofre ou sulfato de cobre, se pesquisar no fórum tem alguns tópicos que tratam da ferrugem é só ir em busca e colocar o tema ferrugem, lembre-se de cobrir o substrato com um plástico quando estiver aplicando e remova as folhas afetadas para não passar para as folhas sadias, lembre de queimar as folhas que retirou infectadas para não passar para outras plantas.
Você pode achar produtos para combater a ferrugem em casas agropecuárias, no fórum tem até dica de como utilizar e quantas vezes, veja o que Macdonald informa no link:
http://www.atelierdobonsai.com.br/forum/viewtopic.php?t=20003&highlight=enxofre
Abraço e não deixe passar muito tempo para tomar as medidas para controlar essa ferrugem que ela pode debilitar o seu bonsai.